Việc điều chỉnh hướng tới sự phát triển của hai trường này trong tương lai là sẽ không có các lớp không chuyên. Cụ thể, hai trường này sẽ tuyển 2 lớp chuyên ở các môn Toán, Vật lý, Hóa học, tiếng Anh. Các môn còn lại sẽ tuyển 1 lớp chuyên.
Theo kế hoạch, hai trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam và chuyên Nguyễn Huệ sẽ tuyển 1.192 HS, nay được điều chỉnh còn 1.120 HS, chia ra 32 lớp, mỗi lớp có 35 HS theo đúng điều lệ trường. Trong đó, trường chuyên Hà Nội - Amsterdam tuyển mới 595 HS, trường chuyên Nguyễn Huệ tuyển mới 525 HS.
l Theo Thông tư số 06/2012/TT-BGDĐT ngày 15/2/2012 ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của trường THPT chuyên thì việc tổ chức thi môn Ngoại ngữ được áp dụng theo các hình thức phù hợp để đánh giá cả 4 kỹ năng nghe, nói, đọc, viết. Do số lượng HS tham gia thi tuyển quá lớn, được phép của Bộ GD-ĐT, Sở GD-ĐT Hà Nội đã xây dựng và thông báo kế hoạch tổ chức thi môn Ngoại ngữ. Cụ thể, sáng 22/6/2012, HS thi môn Ngoại ngữ điều kiện theo hình thức trắc nghiệm và tự luận; ngày 23/6 thi vào các lớp chuyên Ngoại ngữ, HS làm bài thi nghe, đọc hiểu và viết theo hình thức trắc nghiệm và tự luận; từ ngày 24/6 sẽ thi nói theo lịch thi được công bố tại trường.