Tuy không được hỗ trợ ngân sách nhưng để bù lại, bộ đang xây dựng đề án tăng học phí cho các trường này. Như vậy, 4 trường trên sẽ được quyền tăng học phí mà không bị giới hạn mức trần như các trường khác. Trong trường hợp đến tháng 2-2014, Thủ tướng Chính phủ chưa có quyết định giao quyền tự chủ cho 4 trường này thì Bộ GD-ĐT sẽ xem xét cấp dự toán kinh phí không thường xuyên cho các trường như năm 2013.
ĐH Kinh tế TP HCM sẽ được quyền tăng học phí mà không bị giới hạn mức trần như các trường khác
Bộ GD-ĐT cũng sẽ xây dựng và ban hành đề án định mức kinh tế - kỹ thuật và tiêu chí, tiêu chuẩn đối với giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông, giáo dục TCCN và giáo dục ĐH làm cơ sở cho việc xây dựng cơ chế tính giá dịch vụ và học phí năm 2015.