Theo đó, xử phạt đối với hành vi vi phạm quy định về tổ chức dạy thêm, học thêm các năm học 2016-2017, 2017-2018 và hè các năm 2017, 2018 khi chưa được cấp phép, mức phạt 12.000.000 đồng.
Phạt tiền đối với hành vi vi phạm quy định về thu các khoản tiền trái quy định, gồm: thu tiền lập quỹ Thi đua khen thưởng; dạy thêm học thêm, dạy bồi dưỡng môn chuyên và huy động trồng cây trái quy định, mức phạt 20.000.000 đồng. Tổng mức phạt tiền là 32.000.000 đồng.
Ngoài ra, hình thức xử phạt bổ sung đối với Trường THPT chuyên Lam Sơn là chấm dứt tổ chức dạy thêm, học thêm và thực hiện các khoản thu, chi ngoài ngân sách trái quy định (thu tiền, lập quỹ thi đua khen thưởng; thu tiền dạy thêm, học thêm; dạy bồi dưỡng chuyên môn).
Truy thu về ngân sách Nhà nước số tiền thu lập quỹ thi đua khen thưởng trái quy định với tổng số tiền là 64.800.000 đồng.
Thanh tra Sở GD&ĐT cũng yêu cầu Trường THPT chuyên Lam Sơn phải nghiêm chỉnh chấp hành quyết định xử phạt, nếu không sẽ bị cưỡng chế thi hành.