Ngày 11/7/2016, chị T.T.T.T đã tố cáo ông Thuỷ có hành vi dâm ô với con gái mình cùng nhiều bé gái khác ở chung cư Lakeside.
Tháng 8/2016, theo đúng nguyên tắc, vụ án được khởi tố. Nhưng rồi tất cả chìm trong im lặng. Gia đình nạn nhân liên tục bị uy hiếp, đe doạ. Đây là khoảng thời gian báo chí cùng truyền thông bức xúc vào cuộc.
Chủ tịch nước Trần Đại Quang yêu cầu lãnh đạo Bộ Công an, Viện KSND tối cao chỉ đạo các cơ quan tư pháp điều tra làm rõ, xác minh được Nguyễn Khắc Thuỷ đã nhiều lần xâm hại các bé gái.
Phiên tòa xét xử bị cáo Nguyễn Khắc Thủy về tội "Dâm ô với trẻ em". Phía gia đình bị hại không có mặt, chỉ có luật sư bào chữa cho bên bị hại và những người làm chứng. Bị cáo Thuỷ liên tục kêu oan, thanh minh rằng: "Tôi chỉ xoa đầu, vỗ vai bé thôi chứ làm gì có hành động ôm ấp".
Đứng trước sân TAND TP. Vũng Tàu, bị cáo Thủy la lớn rằng mình bị oan, dọa sẽ tự thiêu vì bức xúc trước bản án. Tuy nhiên, hành động này của Thủy chỉ diễn ra được một lúc rồi bị cáo cũng bình thường để ra về.
Nguyễn Khắc Thuỷ liên tục kêu oan, tiếp tục nộp đơn kháng cáo.
Sau khi nghị án, HĐXX quyết định sửa bản án sơ thẩm khi cho rằng chưa xác định được hành vi phạm tội của Nguyễn Khắc Thủy trong vụ bé H.A, riêng vụ bé D. đã có đủ chứng cứ kết tội. Xét bị cáo tuổi cao sức yếu, có nhiều đóng góp cho địa phương, toà giảm án từ 3 năm tù giam thành 18 tháng tù treo.
Thuỷ rất bình tĩnh đón nhận quyết định từ toà phúc thẩm. Bản án 18 tháng tù treo gây bức xúc, phẫn nộ trong lòng người dân.