Dự kiến ban đầu, vòng Tứ kết cúp Quốc gia 2020 sẽ diễn ra vào các ngày 31/7, 1/8 và 2/8. Sau đó 5 ngày (6/8) hai trận Bán kết sẽ khởi tranh. Trận chung kết sẽ diễn ra sau Đại hội Liên đoàn bóng đá Việt Nam dự kiến tổ chức vào ngày 8/8. Nhưng sau đó, lịch thi đấu đã được thay đổi, 4 trận đấu thuộc vòng Tứ kết gồm Bà Rịa - Vũng Tàu gặp TP. HCM và Viettel gặp B.Bình Dương sẽ đá vào ngày 4/8 lần lượt các khung giờ 17h00, 19h15; Hồng Lĩnh Hà Tĩnh gặp Than Quảng Ninh và Hà Nội gặp XSKT Cần Thơ sẽ đá vào ngày 5/8 lần lượt các khung giờ 18h00 và 19h15. Hai trận Bán kết đá ngày 9/8 và trận Chung kết sẽ đá ngày 13/8.
Tuy nhiên, vào ngày hôm qua (30/7) B.Bình Dương và XSKT Cần Thơ đã kiến nghị dừng cúp Quốc gia cho đến khi có thông báo chính thức từ Bộ Y tế, Chính phủ về việc kiểm soát và dập dịch trên toàn quốc. Bịa Rịa-Vũng Tàu cũng không ủng hộ việc tổ chức giải ở thời điểm hiện tại.
Sau khi cân nhắc, VPF đã quyết định cho tạm dừng giải cúp Quốc gia để chờ diễn biến dịch. Cụ thể, thông báo số 166 cho biết, để đảm bảo tuyệt đối an toàn sức khỏe cho tất cả các CLB và thành viên tham dự Giải, Công ty VPF, Ban Điều hành các giải Bóng đá Chuyên nghiệp Quốc gia, thông báo tạm dừng kế hoạch tổ chức, thi đấu Giải Bóng đá Cúp Quốc gia Bamboo Airways 2020 kể từ các trận đấu Vòng Tứ kết. Đề nghị các CLB, các thành viên, bộ phận liên quan nhanh chóng cập nhật thông tin, chủ động triển khai kế hoạch công việc tiếp theo cho phù hợp. Đồng thời, yêu cầu các CLB tăng cường công tác quản lý cầu thủ, thường xuyên theo dõi sức khỏe, y tế và thực hiện đúng các quy định về phòng chống dịch bệnh của các cơ quan quản lý Nhà nước và Chính Phủ.
VPF cũng đề nghị các BTC trận đấu phối hợp với Sở Y tế địa phương nghiêm túc thực hiện công tác triển khai các biện pháp phòng chống dịch Covid-19, chủ động vệ sinh, khử trùng tổng thể các hạng mục liên quan, đảm bảo an toàn và sẵn sàng khi Giải đấu tiếp tục trở lại. BĐH Giải sẽ tiếp tục cập nhật tình hình, diễn biến của dịch Covid-19 xây dựng kế hoạch điều chỉnh Lịch thi đấu của Giải Bóng đá Cúp Quốc gia Bamboo Airways 2020 một cách phù hợp, thông báo cụ thể đến các CLB trong thời gian sớm nhất.