Sau 8 năm vắng bóng, "Vượt Ngục" đã trở lại và vẫn lợi hại như ngày nào!

Cuối mùa thứ 4 của Vượt Ngục, người xem đã thấy Michael Scofield chết. Rõ ràng không phải như thế, Michael đã làm giả cái chết của mình. Anh bỏ lại Lincoln, Sara và cậu con trai bé nhỏ của mình. "Tự do cũng có cái giá của nó," đây là câu nói vang lên ngay từ đầu phim bằng giọng của Michael, và lí do vì sao vẫn chưa một ai có thể lý giải được.

Tưởng rằng sau khi được tự do, Lincoln sẽ có cuộc sống hạnh phúc. Nhưng ngược lại, Lincoln đang phải chạy trốn khỏi một băng nhóm xã hội khi nợ chúng tới 100 ngàn Đô La. Sau khi trốn thoát, Lincoln chạm mặt T-Bag ngay cửa nhà, hắn đã báo cho Lincoln biết rằng em trai của anh ta vẫn còn sống.

Sau đó, Lincoln đã vội vã đi tìm Sara và báo cho cô biết. Sara nói: "Tôi không nghĩ sẽ gặp lại anh" vì Lincoln đã từng phản đối việc tái hôn của cô và người chồng mới Jacob. 

Sau khi ra khỏi tù, T-Bag đã nghĩ đến việc tận hưởng những phút giây đầu tiên của cuộc sống tự do, nhưng hắn chợt nhớ ra rằng mình có cuộc hẹn với Bác sĩ Whitcome. Tại cuộc hẹn bác sĩ Whitcome đã đề nghị T-Bag tham gia cuộc thí nghiệm cấy chi rô bốt của ông. Điều lạ lùng rằng, có ai đó đã trả tiền cho cuộc phẫu thuật lắp chi giả đắt đỏ này, và đương nhiên việc hắn được mãn hạn tù sớm cũng có liên quan đến vụ việc.

Khi bị Sara thuyết phục rằng Michael đã chết và hãy quên chuyện đã qua đi, Lincoln đã dịu xuống nhưng vẫn muốn tìm cho ra lẽ. Lincoln đào mộ của em mình lên và phát hiện trong cỗ quan tài chỉ có mỗi bộ quần áo của Michael. Lincoln tiếp tục điều tra và phát hiện ra rằng Michael đang ở trong một nhà tù ở Yemen có tên Ogygia.

Chắc chắn rằng Michael vẫn còn sống, Lincoln đã tìm cách để đến được đất nước Yemen xa xôi. Không dễ dàng như thế, cả Lincoln và gia đình của Sara đã bị sát thủ ghé thăm nhưng may mắn rằng không một ai xảy ra hề hấn gì.

Được sự giúp đỡ của C-Note, Lincoln đã lên đường đến Yemen. Tại nơi đây, Lincoln và C-Note tiếp tục bị một đám người lạ mặt tấn công, tưởng chừng như đã bỏ mạng tại nơi đất khách, thì Sheba đã kịp xuất hiện và đưa mọi người đến nơi an toàn.

Tại nhà tù Ogygia, những tên cai ngục không biết đến cái tên Michael Scofield, nhưng cái tên Kaniel Outis lại khiến bọn chúng lo ngại… Lincoln và C-Note đã tìm được cách "gây ra tội" và để bị bắt vào tù thành công.

Cuối cùng thì Lincoln và C-Note cũng đã được gặp lại Michael trong nhà tù kinh khủng này. Trong khi Lincoln vẫn chưa khỏi bàng hoàng vì trông thấy em trai mình bằng xương bằng thịt, thì Michael đã thẳng thừng phủ nhận mình chính là Michael Scofield. Ngay sau đó, Michael đã quay lưng đi với gương mặt đau thương. Lincoln ngay phía bên ngoài hàng rào sắt đã vội vã chạy theo, muốn một câu trả lời từ phía người em trai vào sinh ra tử của mình, "tại sao nó lại hành xử như thế?"