Chim cánh cụt là loài có nguy cơ tuyệt chủng. Trong số 17 loài chim cánh cụt hiện đang tồn tại, 13 loài có nguy cơ tuyệt chủng hoặc cực kỳ nguy cấp. Các nhà khoa học ước tính rằng vào cuối thế kỷ 21, thế giới có thể mất tới 70% số chim cánh cụt hiện nay.