Sau một năm đầu tổ chức thực hiện với 147 bài hát được biểu diễn trong các liveshow, chương trình 
Bài hát yêu thích đã khép lại với nhiều thành công và cũng không ít ồn ào, đặc biệt là quanh giải thưởng Bài hát của năm.
Bước sang năm 2013, 
Bài hát yêu thích quyết định có những thay đổi, hoàn thiện và nâng cao hơn nữa chất lượng để hạn chế sự lũng đoạn của “tin nhắn rác” và sự chạy đua của các “khán giả ảo”- sự việc lùm xùm đáng tiếc đã xảy ra trong thời gian vừa qua. BTC đã quyết định giảm số lượng tin nhắn cũng như giảm tỷ lệ % bình chọn, cụ thể từ 5 tin nhắn/thuê bao thì chỉ còn 1 tin nhắn/thuê bao cho mỗi bài hát trong ngày.
Tại cuộc họp báo chiều qua (30/1) tại Hà Nội, bà
 Lê Thị Huyền Thanh - 
Trưởng Ban tổ chức chương trình 
Bài hát yêu thích và cũng là Phó Trưởng ban Văn nghệ, Đài THVN chia sẻ: “
Bài hát 
yêu thích 2013 sẽ dựa trên tiêu chí là bài hát nhận được bình chọn đứng 
đầu nhiều tháng nhất. Trong trường hợp các bài hát ngang nhau về số lần 
đứng đầu tháng, BTC sẽ xét bài hát nào được bình chọn cao nhất về số 
lượng tuần. Nếu không có sự chênh lệch về tỷ lệ này, BTC sẽ xét trên 
tiêu chí cuối cùng là tin nhắn bình chọn”.
Bên cạnh đó, để tránh những hiểu nhầm 
Hội đồng bình chọn là 
Hội đồng nghệ thuật hay 
Hội đồng ban giám khảo, năm nay, BTC sẽ thay tên 
Hội đồng bình chọn thành 
Hội đồng khán giả đại diện và tăng số lượng thành viên từ 120 người lên 130 người. Đồng thời, BTC cũng sẽ tăng tỷ lệ bình chọn của 
Hội đồng khán giả đại diện lên 65 % và lượt nghe, xem bài hát trên website là 25%. Ngoài ra, chương trình không hạn chế lượt nghe trên máy tính nhưng hạn chế IP. Theo đó, mỗi IP trong 1 ngày chỉ được website chương trình ghi nhận tối đa 5 bình chọn (tương đương 5 lượt nghe) cho 1 bài hát. 
Như vậy, các thay đổi có hiệu lực từ thời điểm đóng bảng xếp hạng Tháng 1 và mở ra bảng xếp hạng Tháng 2 vào ngày 3/2/2013 tới.