Courtois và bạn gái Marta đã có với nhau một cô con gái, Adriana. Marta hiện sống ở Tây Ban Nha, chờ ngày hạ sinh đứa thứ hai. Nhưng hôm đầu tháng 4, Courtois xác nhận đã "đường ai nấy đi" với bạn gái lâu năm.
Theo tờ báo Bỉ Nieuwsbald, thực ra Courtois đã chia tay Marta từ tháng 9 năm ngoái. "Chúng tôi vẫn quý mến và hiểu rõ nhau, nhưng không còn mối quan hệ lãng mạn nữa", Courtois chia sẻ.
"Chúng tôi sẽ không chối bỏ trách nhiệm với con gái Adriana và cậu con trai sắp chào đời Nicolas. Chúng tôi sẽ chăm sóc và mang đến tình yêu mà các con xứng đáng nhận".
Courtois quen và hẹn hò với Marta từ khi anh còn làm thủ môn ở Atletico Madrid.
Với việc chia tay bạn gái, Courtois có thể đã nói không với việc trở lại Tây Ban Nha thi đấu cho Real Madrid. Thủ môn 24 tuổi hiện là một trong những người gác đền hay nhất giải Ngoại hạng Anh.