Tính đến thời điểm này, Messi đã ghi tổng cộng 21 bàn thắng vào lưới Real Madrid trong 30 trận "Siêu kinh điển", trong đó có 12 bàn thắng trên "thánh địa" Bernabeu của đại kình địch (8 bàn ở La Liga, 2 bàn ở Champions League, 2 bàn ở cúp nhà vua Tây Ban Nha).
Ngôi sao người Argentina cũng đang là chân sút xuất sắc nhất trong các trận El Clasico. Thành tích này phá sâu kỷ lục cũ 18 bàn mà huyền thoại của Real Madrid, một đồng hương Argentina với Messi, Afredo Di Stefano lập qua 30 trận El Clasico trong giai đoạn 1953-1964.
Messi là nỗi khiếp sợ của hàng thủ Real Madrid
Messi bắt đầu ghi bàn ở El Clasico bằng cú hat-trick trong trận hòa 3-3 ở Nou Camp này 10/3/2007, và anh không dừng lại kể từ đó. Siêu sao Barcelona trở thành nỗi khiếp sợ của hàng thủ Real Madrid mỗi khi hai đội gặp nhau.
Khả năng ghi bàn của Messi cũng rất đa dạng, đến từ mọi tình huống từ nỗ lực cá nhân, tận dụng sai lầm đối phương hay đá phạt... Trong số các pha làm bàn của siêu sao người Argentina vào lưới đại kình địch Real Madrid có không ít những "siêu phẩm".
1. Real Madrid 2- 6 Barcelona ( La Liga 2008/09)
Ngày 2/9/2009 sẽ luôn được các cule giữ trong tim, còn những người yêu Real thì cố gắng loại ra khỏi ký ức. Gonzalo Higuain mở tỷ số cho Real, nhưng kể từ đó là cuộc chơi được dành riêng cho CLB xứ Catalan, dưới sự dẫn dắt của Pep Guardiola.
Messi lập cú đúp (ghi bàn thắng thứ 3 và thứ 5) cùng Thierry Henry, Carles Puyol và Gerard Pique ghi 2 bàn khác, giúp Barca đánh tennis với tỷ số 6-2 ở Bernabeu. Một thất bại lịch sử của đội bóng Hoàng gia. Ở bàn thắng thứ 3, sau khi Xavi cướp được bóng, tiền vệ tài hoa chuyền nhanh cho Messi, ngôi sao người Argentina đi bóng tốc độ, vượt qua sự truy cản của hậu vệ Real và hạ gục thủ thành Casillas.
2. Real Madrid 0- 2 Barcelona (Champions League 2010/11 )
Pha làm bàn vào lưới Real Madrid trong trận bán kết lượt đi Champions League 2010/11 là một trong những "siêu phẩm" để đời của Messi. Siêu sao người Argentina đã lần lượt vượt qua 5 hậu vệ của đối phương để sút tung lưới Iker Casillas. Tất cả những hậu vệ lừng danh của Real Madrid đều bị biến thành "chú hề" khi đối đầu với chân sút số 1 của Barcelona.
3. Real Madrid 2- 1 Barcelona (Cúp nhà vua Tây Ban Nha 2012/13)
Mặc dù Barcelona đã nhận thất bại trong trận đấu này nhưng Messi vẫn để lại dấu ấn với pha sút phạt tuyệt đẹp từ ngoài vòng cấm. Cú sút căng như kẻ chỉ của siêu sao người Argentina khiến "Thánh Iker" dù bay người hết cỡ vẫn bó tay còn tất cả mọi người phải ngỡ ngàng.