Theo Lê Công Vinh, những tiêu chí đề ra ban đầu trong việc hợp tác giữa anh và CLB TP.HCM không đi theo đúng mục đích và định hướng đã thỏa thuận.
Chính điều này khiến cựu tiền đạo đội tuyển Việt Nam quyết định nộp đơn từ chức sau hơn 1 năm nắm vai trò quyền chủ tịch CLB TP.HCM. Sau cuộc họp với BLĐ CLB TP.HCM tối 2/5, Lê Công Vinh đã có cuộc họp với HLV Miura và các cầu thủ để thông báo chia tay.
Các cầu thủ CLB TP.HCM đều cảm thấy sốc trước quyết định này của Công Vinh và mong muốn chân sút xuất sắc nhất lịch sử đội tuyển Việt Nam tiếp tục ở lại. Mặc dù vậy, Công Vinh giữ nguyên quyết định.
Công Vinh đến với CLB TP.HCM trong vai trò Phó chủ tịch từ cuối tháng 12/2016 và nhận chức Quyền chủ tịch đội bóng Sài thành vào tháng 1/2017. Trong hơn 1 năm nắm quyền, Công Vinh tạo ra khá nhiều thay đổi tích cực cả về hình ảnh lẫn chuyên môn cho CLB TP.HCM.
Ngay trước khi thông báo từ chức, Công Vinh mới ra mắt Học viện bóng đá cộng đồng mang thương hiệu CV9. Nhưng Công Vinh khẳng định, việc thành lập Học viện bóng đá không phải là lý do anh chia tay đội bóng Sài thành.