Dự án tu bổ di tích Chùa Cầu có tổng mức đầu tư hơn 20,2 tỷ đồng, trong đó ngân sách tỉnh Quảng Nam hỗ trợ 50%, ngân sách TP Hội An bố trí 50%. Dự án do UBND TP Hội An làm chủ đầu tư, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An thực hiện, Trung tâm Tư vấn bảo tồn di tích - Viện Bảo tồn di tích là đơn vị tư vấn.