Xác định Bộ GD-ĐT chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm trong quản lý, chưa chỉ đạo kịp thời công tác thanh tra, kiểm tra hoạt động đối với Đại học Đông Đô, Cơ quan An ninh điều tra kiến nghị Bộ trưởng Bộ GD-ĐT xem xét, xử lý nghiêm đối với các cá nhân có trách nhiệm.