Theo thể lệ bốc thăm môn bóng đá nam và nữ SEA Games 29, nước chủ nhà Malaysia sẽ được quyền chọn bảng đấu ưa thích, điều chưa từng có ở sân chơi thể thao lớn nhất Đông Nam Á.
Nhiều môn, nội dung thi đấu Olympic như vật, bóng đá nữ, boxing, cử tạ, judo, đấu kiếm, đua thuyền canoeing, điền kinh… đã bị chủ nhà SEA Games 2017 Malaysia cắt bớt hoặc loại hoàn toàn khỏi chương trình thi đấu.